ATAC-Seq技术在间充质干细胞成脂分化早期研究中的应用

作者：刘建云; 江和; 张杰; 马百成; 吴萍; 熊建军^*

来源：中国医科大学学报, 2021, 50(07): 597-601+607.

• 间充质干细胞
• 转座酶和高通量测序的染色质分析
• 脂肪分化

目的利用ATAC-Seq技术研究人骨髓间充质干细胞(hMSCs)成脂分化过程中染色质开放性的动态变化。方法第6代人源hMSCs经成脂诱导剂分别刺激0 d、3 d、5 d和7 d。收集各组细胞,转座酶Tn5捕获DNA序列并测序,生物信息学分析各组间染色质开放区域数量分布、转录因子结合序列(motif)、邻近基因功能(GO)及相关信号通路(Pathway)。结果在h MSCs成脂分化早期的不同时间点,细胞染色质开放区域数量发生显著动态变化;各组功能性区域Peak分布主要富集在转录起始点(TSS)附近;Motif分析显示各组细胞间参与转录调控的活化DNA序列发生改变;Peak邻近基因功能的GO分析结果显示,新增的染色质开放区域的生物过程主要集中在各种细胞黏附、血管生成以及细胞外基质生成等;而差异基因显著性富集通路主要集中在Rap1信号通路,PPAR信号通路等。结论 hMSCs成脂分化早期染色质开放区域出现显著动态变化,为进一步了解成脂分化的调控机制及寻找有效靶基因提供了新的思路。

• 单位
  九江学院; 江西省系统生物医学重点实验室