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摘要
目的获得HCV 1b感染者体内以及水平传播过程中的进化速率和病毒群体的生物多样性。方法收集广东地区献血者中HCV感染标本2例,每隔半年对其进行随访,通过二代测序技术和生物信息学分析方法获得全基因组序列,Mega 7.0软件进行基因分型,Beast软件中的MCMC算法进行进化速率和病毒群体生物多样性的分析。结果获得2例HCV感染者3次标本共6条全基因组序列,平均测序深度为2 486,均为HCV 1b亚型。Relaxed lognormal分子钟模型显示1号献血者体内的进化速率高于2号献血者,Relaxed lognormal和Strict分子钟模型均显示1号献血者和2号献血者的体内进化速率高于水平传播的进化速率。我国HCV 1b的最近共同祖先起源于1938年,1986—1998年在我国的感染人数呈对数增长,1998年之后逐渐下降。结论 HCV 1b亚型体内进化速率高于水平传播的进化速率,不同个体的进化速率不同。
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