蛋白质相互作用界面中磷酸酪氨酸质子化状态的判定研究

作者：陈芳进; 刘涛; 王晓磊; 赵东升; 冯健男; 刘少君

来源：Acta Chimica Sinica, 2009, (13): 1523-1527.

• 酪氨酸激酶受体
• 磷酸酪氨酸
• 质子化
• 广义波恩模型
• 热力学积分 receptor tyrosine kinase
• phosphotyrosin
• protonation
• generalized Born model
• thermodynamic integration

蛋白质相互作用界面上磷酸酪氨酸的质子化状态对蛋白质相互作用具有重要影响,在进行相关结构的计算研究时,必须对其进行准确判定.采用AMBER/parm99力场和广义波恩(GBobc)隐式水模型,以SHC1(src homology2domain-containing transforming proteinC1)的SH2(Src homology2)结构域与磷酸化激活的T细胞受体CD247链的相互作用核磁结构为例,首次以热力学积分方法对相互作用界面上磷酸酪氨酸的质子化状态进行判定研究,结果显示该方法计算精确,判定结果与实验结果一致.表明该方法不仅为涉及磷酸酪氨酸的蛋白质相互作用的计算结构研究奠定了...

• 单位
  中国人民解放军军事医学科学院; 军事医学科学院基础医学研究所