一种新的度量生物复杂网络模块性的方法

作者：刘齐军; 王正华; 郭昊; 孙汉昌; 刘万霖; 朱云平

来源：计算机工程与科学, 2010, (08): 112-116+148.

• 复杂网络
• 生物网络
• 模块性
• 内聚性
• 耦合性 complex network
• biological network
• modularity
• cohesion
• coupling

在生命科学领域,生物网络的概念也被大量引入,用以系统地表示复杂的生物过程。模块性是很多复杂网络都具有的特征,因此生物网络模块性的研究成为系统生物学一个重要的研究方向。为了更加深入地了解生物系统的组成和机理,本文提出了一种度量网络模块性的新方法,并将该序列指标应用于酵母转录因子调控网络和多个物种的代谢网络,结果发现酵母转录因子调控网络并不具有模块性而代谢网络具有显著的模块性。在应用中,代谢网络的功能模块度与平均聚类系数的相关性还说明我们的指标比平均聚类系数更适合刻画网络的功能模块性。另外,该指标的提出使得各种不同物种网络模块性的比较或者各种不同模块划分(或识别)方法的评价成为可能。

• 单位
  国防科学技术大学; 北京蛋白质组研究中心; 蛋白质组学国家重点实验室; 军事医学科学院放射与辐射医学研究所; 自动化学院