基于生物信息学分析的骨肉瘤关键生物标记物的筛选

作者：康治理; 刘晓伟; 武振方; 何鹏; 赵建宁; 许斌

来源：蚌埠医学院学报, 2022, 47(03): 386-393.

DOI：10.13898/j.cnki.issn.1000-2200.2022.03.028

• 骨肉瘤
• 生物信息学
• 差异表达基因

目的：应用生物信息学的方法分析骨肉瘤基因表达谱芯片中具有差异性表达的基因，找出参与骨肉瘤发生、发展的关键基因。方法：从GEO数据库中下载表达谱基因芯片数据，应用生物信息学方法筛选差异表达基因(DEGs)。利用DAVID在线数据库对DEGs进行GO及KEGG通路富集分析。通过STRING在线软件、Cytoscape的MCODE插件、cytoHubba插件对骨肉瘤的显著差异表达的基因进行蛋白质-蛋白质相互作用网络分析，寻找关键基因。结果：共筛选出95个DEGs,主要富集在细胞黏附分子、抗原处理和呈递等信号通路，通过分析发现CD74、LAPTM5、CD163、MS4A6A、HLA-DRA、CD86、FCER1G、C1QB、TYROBP、AIF1等10个基因处于核心位置。结论：CD74、LAPTM5、CD163、MS4A6A、HLA-DRA、CD86、FCER1G、C1QB、TYROBP、AIF1可能在骨肉瘤的发生、发展中起重要作用。

• 单位
  蚌埠医学院