2021年2月深圳市六株境外输入的SARS-CoV-2基因组特征分析

作者：陈龙; 房师松; 梅树江; 冯铁建; 邹旋; 彭博; 孟君; 孙颖; 吕子全; 许文波; 赵翔; 魏欣仪; 李诗敏; 朱灿; 卢清菊; 肖晓亮; 夏俊杰; 张仁利^*; 何雅青^*

来源：病毒学报, 2021, 37(03): 515-526.

DOI：10.13242/j.cnki.bingduxuebao.003977

• SARS-CoV-2
• B.1.1.7变异株
• B.1.351变异株
• 境外输入
• 基因组测序

为了解深圳境外输入的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的遗传特征,本研究对2021年2月六株境外输入的SARS-CoV-2毒株进行了高通量测序与基因组序列分析。测序获得的六株SARS-CoV-2毒株基因组长度分别为29 450 nt、28 936 nt、28 875 nt、29 855 nt、29 146 nt和29 528 nt。根据"Pango lineages"分型法,三个来自肯尼亚、南非和柬埔寨的毒株属于B.1.1.7系(VOC-202012/01),一个来自美国的毒株属于B.1.2系(美国谱系),两个来自南非和肯尼亚的毒株属于B.1.351系(20H/501Y.V2)。与武汉毒株Wuhan-Hu-1(NC045512.2)比较,B.1.1.7系毒株的刺突蛋白(S)中发现了多达10个氨基酸的变异,B.1.2系毒株的S蛋白仅发现一个氨基酸的变异,B.1.351系毒株的S蛋白中发现了多达11个氨基酸的变异。来自柬埔寨的一株B.1.1.7系毒株的S蛋白中发现了三个变异(H69S,V70I与Y144V)与另外两个B.1.1.7系毒株中的变异(H69del,V70del与Y144del)不同。六个毒株在ORF1b上都表现出了P314L的变异,在S蛋白上都表现出了D614G的变异。2021年2月深圳输入了传染性更强的B.1.1.7英国变异株和B.1.351南非变异株。境外输入的SARS-CoV-2变异株存在引起本地暴发与流行的风险,需持续对境外输入的SARS-CoV-2毒株进行分子监测。

• 单位
  中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所; 深圳市疾病预防控制中心