虎眼万年青EST文库构建和Syntaxin基因的克隆及生物信息学分析

作者：陈茜; 王志标; 唐微; 王伟; 程克棣; 孔建强

来源：中国医药生物技术, 2013, (04): 247-253.

DOI：10.3969/cmba.j.issn.1673-713X.2013.04.002

• 基因文库
• Qa-SNARE蛋白质类
• 虎眼万年青 Gene library
• Qa-SNARE proteins
• Ornithogalum saundersiae

目的构建虎眼万年青EST文库,筛选相关基因并对其进行功能鉴定。方法 CTAB法提取虎眼万年青鳞茎总RNA,通过SMART方法构建全长cDNA文库,获得库容大于3×106cfu/ml的均一化全长cDNA文库。随机挑取1440个单克隆测序,并对得到的EST序列进行Blast分析(NR、NT、Swiss-Prot和KEGG)以及COG功能分类。结果获得1398条有效EST序列,含有1146条单一基因,cDNA文库平均插入片段长度在1.5kb以上,全长率54%,冗余率3.3%。其中两段基因都与Syntaxin43基因相似,同源性分别为76%和89%,根据Blast比对结果,推断这两个基因片段是同一个S...

• 单位
  天然药物活性物质与功能国家重点实验室; 中国医学科学院北京协和医学院; 武汉大学; 药物研究所; 基础医学院