用生物信息学方法处理基因芯片结果

作者：李辉; 张宏波; 杨旭宇; 王磊; 周文; 任彩萍

来源：生命科学研究, 2006, 10(04): 295-303.

DOI：10.3969/j.issn.1007-7847.2006.04.003

• 鼻咽癌
• 微阵列
• 信号通路

基因芯片是一种能够同时检测大量基因在同一组织中表达情况的有力工具.利用前期工作筛选的2210个鼻咽癌差异表达基因和Biocarta信号通路资源库,构建了一个基于信号通路的基因相互作用网络.通过统计学分析,进一步筛选出一批对该基因相互作用网络具有重大影响的基因(特别是RAN、CEL、RELA).随后,采用RT-PCR方法检测候选基因在鼻咽癌活检组织中的表达,发现RAN和CEL基因在高达80%的鼻咽癌组织中高表达.进一步将网络分析结果和ArrayXPath软件分析的结果比较,共计有40%(32/80)基因结果吻合,这验证了网络分析方法的有效性和可行性.最终探索建立了新的分析基因芯片的方法.

• 单位
  中南大学湘雅医学院; 湘潭市中心医院