体内与体外RNA-RNA相互作用的比较初探

作者：陆启轩; 查磊; 李宗城; 陈临溪; 李伍举; 应晓敏

来源：军事医学, 2013, (07): 517-520.

• RNA-RNA相互作用
• 生物信息学
• RNA
• 小核仁
• 核糖体RNA RNA-RNA interactions
• bioinformatics
• snoRNA
• rRNA

目的通过比较in vitro与in vivo的RNA-RNA相互作用(RNA-RNA interaction,RRI),探究通过in vitroRRI推测in vivo RRI的可靠性。方法采用perl语言编写脚本分析酵母转录组水平in vitro RNA的二级结构信息,得到可能的in vitro RRI,再与酵母的in vivo小核仁RNA(snoRNA)-rRNA相互作用进行比较。结果发现in vitrosnoRNA-rRNA相互作用与in vivo snoRNA-rRNA相互作用的重叠率仅为23.42%(26/111);而in vitro测定的snoRNA双链片段与in vivo测定的参...

• 单位
  军事医学科学院基础医学研究所; 南华大学