甘肃地区一株PCV-3流行毒株的全基因序列测定及遗传演化分析

作者：张辉; 马雪青; 袁红; 李勇生; 魏达礼; 卢曾军; 刘在新; 韩庆彦^*; 孙普^*

来源：黑龙江畜牧兽医, 2023, (13): 80-93.

DOI：10.13881/j.cnki.hljxmsy.2023.03.0185

• 猪圆环病毒3型
• 流行毒株
• 全基因组
• 遗传变异
• 基因缺失

为了了解甘肃地区猪圆环病毒(PCV)的基因特征，试验采用PCR方法和基因测序技术，对甘肃省2018—2022年期间发生流行性腹泻的死亡仔猪病料进行回顾性检测，并对获得的毒株进行全基因测序，同时与参考毒株序列进行基因特征分析。结果表明：试验成功获得一株PCV-3毒株，将其命名为GSJN/2/2018毒株，该毒株的全基因组序列长度为1 999 nt,在1 149 nt处缺失碱基G,与参考毒株全基因序列的核苷酸相似性为97.8%～99.8%;ORF1和ORF2基因与参考毒株的核苷酸和氨基酸序列相似性分别为98.8%～99.9%/97.0%～100%和96.4%～99.7%/94.4%～100%;基于全基因组序列、ORF1和ORF2基因序列分别构建的系统进化树均将GSJN/2/2018毒株划分为PCV-3a基因型；该毒株主要线性抗原表位和3个滚环复制基序FTINN、HLQG、YCKK没有发生变异。说明通过回顾性检测获得的甘肃地区流行较早的GSJN/2/2018毒株属于PCV-3a基因型，并发现了新的基因缺失，丰富了PCV-3的基因组信息。

• 单位
  中国农业科学院兰州兽医研究所; 家畜疫病病原生物学国家重点实验室; 甘肃省动物疫病预防控制中心