本发明公开一种面向仓储物流系统的三维运行仿真方法和系统。所述方法包括:根据物流设备站点模型参数和货物模型参数定义,生成仓储物流场景;根据仓储设备站点的状态信息,驱动仓储站点设备的仿真运动;根据设备的仿真动画过程,驱动货物的仿真运动;本发明创新之处在于,具体如下:1、使用通用模式自动化生成仓储物流场景;2、使用实际设备特性准确刻画所有站点设备的运转流程并进行仿真;3、使用编号与状态标识方式更加准确地表达仿真货物在站点设备上的运动。