本发明涉及一种三维异质集成系统的制作方法,包括如下步骤:制备碳化硅基衬底层和碳化硅基外延层;在所述碳化硅基衬底层和所述碳化硅基外延层上分别制作背通孔,在所述碳化硅基外延层上生长至少一个无源器件,以及制备有源器件;使用苯并环丁烯聚合物将至少一个有源器件粘连在所述碳化硅基衬底层上;将所述碳化硅基衬底层和碳化硅基外延层键合连接;在所述有源器件和所述无源器件之间键合连接。本发明实施例,保证了器件工艺的可靠性,同时提高了器件制作的效率。