介绍了目前轨道交通信号系统领域内3种通用的安全计算机架构(包括三取二安全架构和二乘二取二安全架构),分析了安全计算机内部处理对时间同步的需求。建立2种安全计算机内部同步模型,并针对这2种同步模型提出了相对应的时间同步方案。依据方案在实验室环境中对三取二安全计算机、二乘二取二安全计算机分别进行了内部时钟同步验证,结果表明本文所提出的2种同步方案,能够使安全计算机内部时间同步精度达到2 ms以内,满足目前轨道交通信号系统领域内绝大多数应用要求。