盐城地区柯萨奇病毒A组16型分离株VP1区基因分子生物信息学分析

作者：姚学君; 李峰; 陈国清; 张红军; 姜仁杰; 管书慧; 徐士林; 刘秀兰; 沈进进^*

来源：现代预防医学, 2019, 46(21): 3997-4020.

• 柯萨奇病毒A组16型
• VP1区
• 生物信息学
• 预测

目的分析盐城地区柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CVA16)VP1区蛋白结构和B细胞表位。方法基于盐城地区2017年CVA16分离株J837 VP1区蛋白序列,采用分子生物信息学软件预测蛋白质理化特性、亲水性、二级结构和抗原表位等。结果盐城地区CVA16分离株VP1区编码蛋白为亲水蛋白,无信号肽,有1个跨膜螺旋区域,二级结构以无规则卷曲为主,存在7个潜在的B细胞抗原表位。结论本文成功预测了CVA16分离株VP1区蛋白二级结构和B细胞优势表位,为CVA16疫苗研研发提供了科学依据。