猪卵泡液外泌体处理卵巢颗粒细胞的SNP/Indel筛选分析

作者：刘阳光; 章会斌; 文浩宇; 谢帆; 赵世明; 丁月云; 郑先瑞; 殷宗俊^*; 张晓东^*

来源：畜牧兽医学报, 2023, 1-12.

• 猪
• 卵泡液外泌体
• 卵巢颗粒细胞
• SNP
• RNA-seq

旨在分析卵泡液外泌体对卵巢颗粒细胞基因的影响，了解卵泡液外泌体在卵泡发育过程的调控机理，为母猪繁殖研究提供理论依据。本研究选取6月龄、健康状态良好且体重相近的二元母猪为材料，屠宰后收集卵巢150枚，利用梯度离心法获取卵泡液外泌体与猪卵巢颗粒细胞(porcine ovarian granulosa cells，POGCs)，并在体外将卵泡液外泌体与猪卵巢颗粒细胞共培养。通过RNA-seq技术对猪卵巢颗粒细胞(granulosa cell samples，GC，n=3)和与外泌体共培养的猪卵巢颗粒细胞(granulosa-exosome co-culture samples，GCE，n=3)进行测序。结果显示，在GC和GCE组中平均每个样品获得5.54×107 条clean reads，Q20和Q30质量得分均在92%以上。在GC和GCE组的6个样品中共获得1 310 979个SNPs突变和104 498个InDel突变，其中纯合型SNP/Indel突变数量为170 426个，杂合型SNP/Indel突变数量为1 245 052个，突变杂合子数目明显高于纯合子且SNP的发生率较高。另外，在突变类型中，转化类型共计973 003个，颠换类型339 974个，转换的类型显著高于颠换类型。经基因注释，突变主要发生在基因3′UTR、5′UTR、内含子区域，其次为外显子和基因间隔区。另外，通过与差异基因对比后，够筛选出1583个候选基因，经GO和KEGG功能富集发现，候选基因主要与细胞周期以及细胞增殖/凋亡过程相关。此外，共发现14个与细胞周期，增殖/凋亡通路相关的关键候选基因，其中11个基因存在互作关系。本研究获得的这些SNP/Indel信息可为后续研究外泌体在母猪生殖上的调控奠定科学基础。

• 单位
  安徽农业大学; 动物科技学院