六妹羊肚菌PacBio基因组测序和DNA 6mA甲基化分析

作者：王昊明; 范立刚; 董永镕; 郑晓慧; 刘慧泉^*

来源：菌物学报, 2021, 40(09): 2299-2316.

DOI：10.13346/j.mycosystema.210170

• 三代基因组测序
• DNA 6mA甲基化
• LTR逆转录转座子
• 真菌基因组

羊肚菌属于子囊门真菌,是世界范围内最受欢迎的食用菌之一。本研究通过PacBio单分子实时高质量核基因组组装,大小为53.57Mb,重复序列含量为17.03]%,e"包含42条重叠群(contigs),重叠群N50高达1.82Mb,其中13条重叠群两端均含有端粒重复序列,为完整的染色体。通过链特异性RNA-seq测序和转录本拼接,并结合多种基因预测策略,预测到13 182个蛋白编码基因,包括267个碳水化合物活性酶,11个次生代谢产物合成基因簇。通过与内蒙古地区栽培的六妹羊肚菌菌株NZTD180501373基因组比较发现,六妹羊肚菌进化过程中可能发生过染色体重组事件,二者具有33055个SNP和48726个InDel位点差异,并且各自拥有超过6Mb的特有序列。此外,相比于梯棱羊肚菌M.importuna,六妹羊肚菌SCLS菌株中与逆转录转座酶有关的orthogroup发生了扩张,并且拥有5个成员数超过100的特有逆转录转座酶基因家族。对SCLS菌株中的DNA N6腺嘌呤甲基化(6mA)修饰进行了鉴定,发现SCLS菌株基因组中0.42%的腺嘌呤被6mA甲基化,其含量显著高于已报道的6种双核亚界(Dikarya)真菌。6mA甲基化位点在逆转录转座子上显著富集,表明六妹羊肚菌中6mA甲基化可能调控逆转录转座子的活性,这也是首次在真菌中报道6mA甲基化与转座子相关。

• 单位
  西北农林科技大学; 西昌学院