中国樱桃LTR类反转录转座子反转录酶序列的克隆和分析

作者：刘厚宇; 吴敏芳; 文晓鹏^*

来源：园艺学报, 2020, 47(02): 355-369.

DOI：10.16420/j.issn.0513-353x.2019-0418

• 樱桃
• 中国樱桃
• Ty1-copia
• Ty3-gypsy
• 反转录酶
• 序列分析
• 转录活性

利用同源序列法根据Ty1-copia和Ty3-gypsy类反转录转座子反转录酶保守区设计简并引物,从中国樱桃(Prunus pseudocerasus Lindl.)中分别扩增出约260和430 bp的目标片段,并进行克隆、测序、序列分析及转录活性检测。共获得44条Ty1-copia类反转录酶序列,13条Ty3-gypsy类反转录酶序列,序列间显示高度异质性,部分序列存在缺失、终止密码子及移码突变。系统发育树显示Ty1-copia可以分为TAR、Ale两类,Ty3-gypsy可以分为Tat、Reina、Tekay等3类。Ty1-copia和Ty3-gypsy类反转录酶dN/dS值均小于1,并且Ty3-gypsy高于Ty1-copia。13条Ty1-copia以及7条Ty3-gypsy反转录酶序列在樱桃正常生长条件下均有转录活性,但不受8种非生物胁迫的诱导。PpRT7在高温(42℃)胁迫24 h时转录活性升高,并且具有组织特异性。

• 单位
  贵州大学