基因组重排技术,标志着育种技术的研究从单一自然表型定向进化至理想全基因型的遗传改造阶段,突破了现有育种技术的范式,实现了种质跨界育种的资源创新。对基因组重排技术在食用菌组学领域的研究现状,及以多亲本原生质体融合技术为核心的基本技术进展进行了综述,介绍了基因组重排实现部分食用菌耐受性的提高,以及在高产新品种菌株育种中的应用,并对基因组重排技术促进食用菌产业发展进行了展望。