Reconstrucci車n filogen谷tica usando geometr赤a algebraica

作者：Casanellas; Marta; Fernandez Sanchez; Jesus

来源：Arbor: Revista General de Investigacion y Cultura , 2010, 186(746): 1023-1033.

DOI：10.3989/arbor.2010.746n1251

• molecular evolution
• phylogenetic reconstruction
• evolutionary model
• algebraic variety
• evolucion molecular
• reconstruccion filogenetica
• modelo evolutivo
• variedad algebraica

A new approach to phylogenetic reconstruction has been emerging in the last years. Given an evolutionary model, the joint probability distribution of the nucleotides for these species satisfy some algebraic constraints called invariants. These invariants have theoretical and practical interest, since they can be used to infer phylogenies. In this paper, we explain how to use these invariants to design algorithms for phylogenetic reconstruction and we show how the application of tools and theoretical results coming from commutative algebra and algebraic geometry can improve the performance and the efficiency of these algorithms. Una nueva aproximaci車n a la reconstrucci車n filogen谷tica basada en la geometr赤a algebraica est芍 ganando fuerza en los 迆ltimos a os. Fijado un modelo evolutivo para un conjunto de especies, las distribuciones te車ricas de los nucle車tidos de estas especies satisfacen ciertas relaciones algebraicas que llamamos invariantes. Estos invariantes son de inter谷s te車rico y pr芍ctico dado que se pueden utilizar para inferir filogenias. En este art赤culo, explicamos c車mo usar los invariantes para implementar algoritmos de reconstrucci車n filogen谷tica y mostramos c車mo el uso de t谷cnicas y resultados te車ricos procedentes del 芍lgebra conmutativa y la geometr赤a algebraica puede contribuir en la mejora en la eficacia y la eficiencia de estos algoritmos.