鱼腥草转录组测序及生物信息学分析

作者：王相瑾; 孙嘉泽; 柴军红; 袁宝; 刘鑫祖; 计建东; 何婷婷^*

来源：分子植物育种, 2023, 1-13.

• 鱼腥草
• 转录组
• 生物信息学

基于RNA-Seq技术对鱼腥草(Houttuynia cordata Thunb)根和叶进行转录组测序及生物信息学分析。利用Illumina HiSeq测序并构建鱼腥草的cDNA文库，共获得52 043 266条Raw reads，过滤后得到的50 625 744条Clean Reads，其数据量均达到了97.28%，GC平均含量在48.05%。此外，共获得47 932条Unigene，已在至少一个数据库中进行了注释有27 786个Unigene，占比57.96%。与NR数据库比对发现鱼腥草与荷花(Nelumbo nucifera)的同源性最高，达到19.80%；GO数据库注释Unigene 18 482条，按功能被划分为生物过程、细胞组分和分子功能三个单元；在KOG的注释当中，共有6 464条基因获得了注释，总共得到25个分类单元；在KEGG的注释当中参与代谢通路的共有11 109条Unigene，分布于100条代谢通路中，并按照功能将其分成5部分。利用MISA软件共挖掘出8 889个SSR位点，分为6种核苷酸重复类型，其中，单碱基重复的数目最多，有4 656个，占SSR位点总数的52.38%。鱼腥草的转录组数据分析，为鱼腥草主要药用成分的研究提供重要的数据支持，为活性部位开发提供理论支持，为鱼腥草基因组学研究、分子标记开发和遗传多样性研究提供科学依据。

• 单位
  牡丹江师范学院