分子标记技术是棉花遗传育种的重要辅助手段之一,棉花分子标记育种的研究已取得了重大进展。综述了分子标记在棉花遗传多样性分析、杂种优势预测、种质资源鉴定、基因定位及分子标记辅助选择育种等方面的研究进展,并对棉花分子标记技术在育种中存在的问题进行探讨,以期促进棉花分子标记技术能更好地应用于遗传育种中,为选育综合性状优良的棉花新品种提供更加有力的辅助手段。