基于生物信息学分析预测瘢痕疙瘩发病过程中的核心基因及互作miRNA的研究

作者：李初颖; 皮龙泉; 金美彤; 罗银利; 金哲虎^*

来源：中国皮肤性病学杂志, 2020, 34(12): 1372-1378.

DOI：10.13735/j.cjdv.1001-7089.202004170

• 瘢痕疙瘩
• 核心基因
• 生物信息学
• miRNA

目的使用生物信息学方法,揭示瘢痕疙瘩发病过程中参与的核心基因,并预测与其互作的潜在微小核糖核酸(micro-ribonucleic acid,miRNA)。方法从NCBI Gene database中获取GSE7890基因芯片集,应用LIMMA软件,条件限制为P<0.05且?Symbol|A@log2FC?Symbol|A@>1.5筛选出差异基因。通过DAVID(database for annotation,visualization and integrated discovery)对筛选出的差异基因进行功能富集分析。使用STRING(search tool for the retrieval of interacting genes)官方平台和MCODE (molecular complex detection)软件进一步建立PPI(protein-protein interaction)网络图并通过分析连接度分出有意义的集簇模块。最后,CyTargeLinker用于预测与核心基因相互作用的潜在miRNA的分析。结果本研究共获得69个上调基因和174个下调基因。从中主要有5个核心基因(CXCL8,KIT,SOX9,CCNB1,NGF),从包含162个节点与408条连线的PPI网络中筛选得出4个具有意义的簇集模块。同时,预测出18个miRNA可能与其中3个基因形成靶向性相互作用网络。结论筛选核心基因和预测与之相互作用的miRNA为瘢痕疙瘩发病机制和治疗靶点的研究提供了理论基础。同时,通过对核心基因富集功能的分析为建立瘢痕疙瘩疾病新科学假说提供依据。

• 单位
  延边大学附属医院