基于CMap数据库分析骨质疏松症相关基因及潜在治疗药物

作者：陈儒; 王艺; 王卫国^*

来源：西部医学, 2020, 32(08): 1150-1155.

• 骨质疏松症
• CMap数据库
• 网络药理学
• 生物信息学

目的基于CMap数据库筛选骨质疏松症(OP)相关基因及潜在治疗药物,为OP的治疗提供新思路。方法检索GEO数据库中关于OP的相关芯片,采用R语言分析差异基因;检索疾病基因公共数据库,获得已知OP的相关致病基因,通过映射获得OP的致病关键靶点,构建作用靶点的蛋白质-蛋白质相互作用关系(PPI)网络,利用DAVID数据库对关键基因进行GO分析和KEGG通路分析,采用关联性图谱(CMap)数据库筛选出负相关的小分子化合物。结果检索GEO数据库筛选出GSE56116的芯片,利用R语言分析筛选出69个上调基因和106个下调基因;通过检索GAD、TTD、OMIM、DrugBank、PharmGKB和DisGeNET数据库,得到691个与OP发病相关的已知靶点,通过映射获得OP致病的14个关键基因;DAVID数据库富集分析结果显示,OP关键靶点主要与免疫反应、对过氧化氢的反应、抗原处理和呈递等生物学过程相关。借助CMap数据库结果显示,地高辛、橙皮苷等小分子化合物具有较高的负相关。结论借助生物信息学和CMap数据库挖掘,地高辛和橙皮苷等小分子化合物可能为OP的候选治疗药物。同时,本研究方法为发现疾病的候选治疗药物开辟了新途径和思路。

• 单位
  山东中医药大学