行政事业单位是我国一种具有社会主义特色经济的组织,具有为我国人民和经济服务的现实目标,其直接影响了我国的总体经济水平,在我国的社会主义建设中充当着重要角色。近年来,随着我国经济的迅速发展,行政事业单位只有充分发挥内部控制的约束作用,才能完善其预算绩效管理进而取得好的社会效益。然而当下的很多行政事业单位内部控制与预算绩效管理仍相对独立,二者仍处于磨合期,这导致预算绩效管理中存在诸多问题。本文便注重分析了两者的关系,并针对现存的行政事业单位绩效管理上的不足进行具体分析并论述相应对策。