铁皮石斛转录组微卫星序列统计分析

作者：石汝杰; 张元媛; 蒋雪梅; 戚文华^*

来源：浙江农业科学, 2020, 61(11): 2241-2244.

DOI：10.16178/j.issn.0528-9017.20201115

• 铁皮石斛
• 基因组
• 微卫星
• 生物信息学

为揭示铁皮石斛全基因组SSRs序列分布规律,采用微卫星序列搜索和统计软件MSDB v2.4对铁皮石斛全基因组中完整型微卫星序列及其特征进行生物信息学分析。结果表明:铁皮石斛微卫星序列总数量为215 661个位点,微卫星序列长度为4.07 Mb,占全基因组总长度的比率为0.44%,其总丰度为213.84个·Mb-1,总密度为4 031.927 bp·Mb-1。铁皮石斛全基因组SSRs各重复类型中,单核苷酸SSRs序列出现频率最高(47.49%),其次是二核苷酸SSRs序列>三核苷酸SSRs序列>四核苷酸SSRs序列>五核苷酸SSRs序列>六核苷酸SSRs序列,微卫星重复类型中,富含A和T,而富含G和C碱基的微卫星出现频率较少。研究结果可为后续铁皮石斛遗传多样性的研究及SSR引物筛选提供依据。

• 单位
  重庆三峡学院; 环境与化学工程学院