两种基因集分析方法的有效性比较

作者：曹文君; 李运明; 陈长生

来源：中国卫生统计, 2009, (05): 462-465.

• 基因表达谱
• 基因集
• SAM-GS
• &chi
• 2-Fisher&rsquo
• s精确检验
• 推断 Gene Expression Profile
• Gene set
• SAM-GS
• &chi
• 2-Fisher's Exact test
• Inference

目的比较竞争性原假设χ2-Fisher’s精确概率法和自限性原假设SAM-GS方法作为基因集分析方法筛选富集基因集的效能,探讨两种方法的筛选效果。方法采用两种待比较的方法处理5种不同情景下的模拟数据,比较筛选结果与模拟设定的差异,计算相应的评价指标,探讨两种方法筛选富集基因集的效果。结果相同设定条件下,SAM-GS方法的筛选率均高于χ2-Fisher’s精确概率法。但推断结论相差不大,即当两组间均数相差较小(≤0.30)时,两种方法均不能较好地识别组间差异;相反,当两组均数差异足够大(>0.30)时,两种方法均能识别差异。结论SAM-GS方法略优于χ2-Fisher’s精确概率法,但两种方法均...

• 单位
  长治医学院; 第四军医大学