结肠癌斑马鱼异种移植物的单细胞转录组分析

作者:陈佳; 王湘秀; 华玉为; 刘桂芬*
来源:基因组学与应用生物学, 2022, 41(02): 231-238.
DOI:10.13417/j.gab.041.000231

摘要

斑马鱼(Danio rerio)是研究人类肿瘤生物学重要的模式动物之一。癌症个性化治疗最常用的临床前研究模型为肿瘤异种移植,但斑马鱼异种移植模型与单细胞转录组分析测序相结合的研究鲜有报道。据此,本研究首先建立了结肠癌肿瘤细胞系HCT-116的斑马鱼异种移植模型。肿瘤细胞在幼鱼体内增殖4 d后,利用酶解法和超速流式细胞分选得到肿瘤单细胞悬液。同时制备同步化2D培养4 d的HCT-116单细胞悬液。对以上2个样品的单细胞转录组数据进行分析,聚类结果显示,异种移植物中超过90%的结肠癌肿瘤细胞系HCT-116细胞基因表达水平与培养箱同步培养的一致,表明斑马鱼作为异种移植宿主可以较好地保持肿瘤细胞的状态。但仍有一部分结肠癌肿瘤细胞系HCT-116细胞属于异种移植模型,差异表达分析表明这一部分细胞高表达的基因从多个通路对肿瘤细胞在幼鱼体内的增殖、转移和促血管生成等过程进行调控。研究结果为系统评估斑马鱼肿瘤异种移植模型提供了新的角度。

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