本发明提供一种用于成像卫星在多障碍物海面搜索移动目标的方法及系统,属于卫星搜索技术领域。所述方法包括:获取搜索任务;根据环境信息对搜索区域进行网格划分,并对每个网格设置发现目标的概率值;卫星观测后分别根据第一概率更新模型和第二概率更新模型对每个网格的概率值进行第一次更新和第二次更新。本发明提供的用于成像卫星搜索多障碍物海平面的移动目标的方法和系统将海平面的障碍物纳入对发现移动目标的概率值的计算中,提高了现有技术中对移动目标的搜索效率。