从公共数据库中利用数据挖掘的方法开发15条黄金鲈EST-SSR标记（英文）

作者：**; 姚红; 王卫民; 邹桂伟; 王汉平^*

来源：水生生物学报, 2018, 42(06): 1186-1193.

• 黄金鲈
• EST
• 微卫星
• EST-SSR
• 基因注释

黄金鲈是美国中西部地区重要的淡水经济型鱼类。TypeⅠ型标记对于比较作图和遗传学研究有相当重要的作用,但是黄金鲈的TypeⅠ标记数量相当少。研究通过数据挖掘的方法从公共数据库中挖掘黄金鲈的TypeⅠ型即EST-SSR标记。实验结果分析了21968条EST序列,约14.4%的序列包含不同类型的核心重复单元。CA重复是最丰富的二碱基重复单元。从中挑选62条包含SSR的EST序列设计引物,筛选得到15对多态的微卫星位点。群体遗传学参数显示15对EST-SSR位点的等位基因数范围为4—19(平均数为9),观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.103—0.929和0.116—0.934,有4个位点偏离HWE平衡。研究得到的EST-SSR标记适用于黄金鲈的群体遗传学和基因组作图研究。

• 单位
  中国水产科学研究院长江水产研究所; 华中农业大学