油菜Bnpgip2-1基因的克隆表达与生物信息学分析

作者：陈夕军; 张磊; 陈羽; 张家豪; 童蕴慧; 徐敬友

来源：中国油料作物学报, 2014, 36(06): 701-706.

• 多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白
• 原核表达
• 生物信息学分析
• 核盘菌

据GenBank及相关文献提供的序列设计引物,从油菜基因组DNA中扩增出Bnpgip2-1基因完整开放阅读框。该基因全长1 068bp,与已发表的Bnpgip2基因序列(登录号:AF529694)有98%的相似性。RT-PCR分析表明,该基因(已申请序列号为KJ820998)具一个72bp的内含子(544-615),编码区为996bp,含4个限制性内切酶酶切位点(AvaⅠ,185;HindⅢ,536;EcoRⅠ,929;Apa LⅠ,972)。原核表达该基因,表达产物能显著抑制油菜菌核病菌多聚半乳糖醛酸酶(PG)活性,抑制率达52.96%。生物信息学分析表明,表达产物Bn PGIP2-1有331个氨基酸,理论分子量为36.99k Da,p I为8.35,具强疏水性,主要存在于细胞壁。信号肽切点位于第22和23位氨基酸之间(SFS-KNL),N端和C端各存在5个和3个半胱氨酸残基,可形成3个二硫键;二级结构以α-螺旋(31.12%)、β折叠(16.01%)和无规则线圈(52.87%)为结构元件,具典型的LRR结构;三级结构为10个LRR按右手螺旋规则形成的一个开放裂隙区,可能负责其与病菌PG的互作。该基因的表达受病原菌侵染的强烈诱导,但对水杨酸(SA)处理不敏感,茉莉酸(JA)处理反而使其下调表达。

• 单位
  园艺与植物保护学院; 扬州大学