基于转录组测序鉴定自噬在小鼠精子发生过程中的动态变化

作者：王晗; 李怡然; 李凯; 卢艳; 邹定峰; 欧金环; 缪时英; 王琳芳; 宋伟^*

来源：基础医学与临床, 2019, 39(05): 663-667.

DOI：10.16352/j.issn.1001-6325.2019.05.010

• 精子发生
• 自噬
• 转录组测序

目的基于NCBI数据库中的小鼠精子发生3个时期(精原细胞、粗线期精母细胞、圆形精子)的转录组测序(RNA-Seq)数据,系统地揭示自噬通路及自噬相关基因在精子发生过程中的动态变化规律。方法从GEO数据库中下载精子发生3个时期的RNA-Seq数据(GSE100964),对相邻阶段的差异表达基因分别进行代谢通路富集分析。从Autophagy Database里面取出783个自噬相关基因,对其中在精子发生3个时期的平均表达值大于1的636个自噬相关基因的表达量进行热图展示。结果发现精原细胞和粗线期精母细胞之间的差异表达基因可以显著富集到自噬通路和自噬相关的通路,而粗线期精母细胞和圆形精子之间的差异表达基因不能富集到自噬相关通路。此外,还发现636个自噬相关基因在精子发生过程中有3种主要表达模式。结论自噬在精子发生减数分裂起始前后的RNA水平发生了显著的变化,且自噬相关基因在精子发生过程中呈阶段特异表达。

• 单位
  医学分子生物学国家重点实验室; 北京协和医学院; 中国医学科学院基础医学研究所