基于RNA-seq的铁线莲转录组信息分析

作者：熊阳阳; 王昌命; 罗琳莉; 王锦^*

来源：分子植物育种, 2019, 17(12): 3859-3864.

DOI：10.13271/j.mpb.017.003859

• 铁线莲(Clematis florida)
• 单重被
• RNA-seq
• 差异表达量

本研究首次采用高通量测序技术对同一株上三种不同花被类型的铁线莲‘薇安’进行了转录组测序,构建了铁线莲的cDNA文库,并对转录组数据进行过滤及拼接、功能注释、基因的差异表达分析等。通过转录组测序,一共获得了146 036条序列,99 652个Unigene基因,长度分布在201～14 638 bp之间,平均长度977 bp。对聚类后得到的Unigene进行同源搜索和功能注释,共9 133个Unigene与七个数据库(NR, GO,NT, Pfam, KEGG, KOG, Swissprot)均具有同源性,占总数目的 9.16%。经SSR位点查找与分析,从检测到的99 652个序列总数中识别出23 035个SSR位点,包含序列的SSR的数量有18 243个,总长为129 654 975 bp。该研究结果可为铁线莲‘薇安’不同花被类型的差异基因表达及筛选和探究重被花形成的分子机制提供了科学依据。

• 单位
  西南林业大学