本发明涉及一种基于多目标遗传算法的DNA序列编码方法,通过维持一个寻优种群和一个精英种群,每次迭代只更新寻优种群中的个体,通过基于最小曼哈顿距离的动态精英选择算法从寻优种群和精英种群中选择出下一代的精英种群,直到达到最大迭代次数,最后挑选精英种群中的个体作为最终生成的一组DNA编码序列。该方法具有有效性和可靠性,可以产生高质量DNA分子集,有效提高DNA计算的规模和可靠性。