综述了近年来国内外南瓜育种相关基础研究取得的成果与最新进展,包括基因组与转录组测序、遗传图谱构建及重要基因/QTLs定位、种质遗传多样性分析、分子标记辅助选择育种、单倍体育种及转基因育种等方面。分析了目前南瓜育种相关基础研究存在的问题,提出了相应的对策与建议,旨在为南瓜育种发展提供理论及实践参考。