利用GEO及TCGA数据集分析SMARCA1在胃癌中的表达及其临床意义

作者：郭金锋; 王硕; 郭天舒; 李智^*

来源：临床肿瘤学杂志, 2018, 23(06): 528-532.

• 胃癌
• 基因表达汇编(GEO)
• 癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)
• SMARCA1
• 预后

目的探讨基因表达汇编(GEO)及癌症和肿瘤基因表达图谱(TCGA)数据集中胃癌组织的SMARCA1表达情况及其与胃癌临床病理特征和预后的关系。方法利用GEO和TCGA数据集汇总胃癌相关数据,下载胃癌组织SMARCA1表达数据及临床病理参数。分析SMARCA1表达与胃癌临床病理学特征和总生存期(OS)的关系;采用基因集富集分析(GSEA)预测SMARCA1相关的基因通路。结果在GSE62254数据集中,SMARCA1表达与T分期有关(P=0.022),而与TNM分期、性别、年龄和N分期均无关(P>0.05)。在TCGA数据集中,SMARCA1表达与T分期、性别、年龄、N分期、TNM分期和组织学分级均无关(P>0.05)。GSE62254数据集中,SMARCA1高、中及低表达组胃癌患者的中位OS分别为36.4个月、89.4个月和未达(P=0.001);TCGA数据集中,SMARCA1高、中及低表达组胃癌患者的中位OS分别为23.7个月、29.4个月和56.2个月(P=0.033)。GSEA结果显示,SMARCA1高表达样本富集了K-Ras、Akt、BMI-1和m TOR通路等基因集。结论胃癌组织中SMARCA1的表达与T分期有关,高表达患者的预后不良,可作为潜在评估胃癌预后的分子标志物。

• 单位
  中国医科大学附属第一医院