椰子ZF-HD基因家族的鉴定及生物信息学分析

作者：孙熹微; 范海阔; 弓淑芳; 刘蕊; 纠凤凤; 肖勇^*

来源：热带作物学报, 2020, 41(02): 284-291.

DOI：10.3969/j.issn.1000-2561.2020.02.011

• ZF-HD基因家族
• 椰子
• 生物信息学

ZF-HD蛋白是一类只存在于植物体内且含有锌指结构域的转录因子家族,其不仅能够调节植物的生长发育,且在植物响应逆境过程中也起着重要的作用。本研究通过比对已开发的椰子基因组数据,共鉴定出20个椰子ZF-HD蛋白。采用生物信息学的方法,对其基因结构、蛋白理化性质、蛋白质保守结构域、超二级结构、系统进化树及表达谱进行分析。结果显示:椰子ZF-HD蛋白多为碱性蛋白,且主要定位于细胞核、叶绿体及线粒体中。椰子ZF-HD基因家族可分为6个亚族,每个亚家族都具有相似的结构域和超二级结构。motif搜索分析显示,CoMIF亚族只含有锌指结构域保守序列,其他亚族均含有锌指结构域序列与同源异形盒结构域序列。表达谱分析显示,CoZHD18、CoZHD20在测序的各组织中表达较少,其他家族成员在各组织中的表达量具有差异性。

• 单位
  中国热带农业科学院椰子研究所; 海南大学; 海南省热带油料作物生物学重点实验室