宫颈鳞状细胞癌中差异表达环状RNA筛选及生物信息学分析

作者：朱小青; 罗枫^*

来源：山东医药, 2020, 60(20): 16-19.

• 环状RNA
• 宫颈鳞状细胞癌
• 预后
• 生物信息学

目的筛选宫颈鳞状细胞癌中差异表达的环状RNA(circRNA),并对其结合的miRNA及下游mRNA进行生物信息学分析。方法 GEO数据库查找宫颈鳞状细胞癌circRNA表达谱芯片,利用GEO2R软件分析芯片,获得差异表达的circRNA,选择表达上调、下调最显著的5个circRNA。利用CSCD网站预测circRNA结合的miRNA,进一步通过三个生物信息学网站(miRDB、Target Scan、RNAInter)联合预测miRNA下游的mRNA,并对其进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析。应用STRING在线工具分析预测出的靶基因的PPI网络,将数据输出并导入Cytoscape软件,通过MCODE插件筛选关键基因。用Kaplan-Meier Plotter在线数据库,分析关键基因表达水平与宫颈鳞状细胞癌预后的关系。结果宫颈鳞状细胞癌组织中差异表达的circRNA共199个,其中表达上调91个、下调108个。表达显著上调及下调的5个circRNA下游共预测出415个mRNA。GO及KEGG分析结果显示,这些mRNA主要参与转录调控、DNA模板、凋亡等生物学进程;主要参与p53信号通路、缝隙连接信号通路、趋化因子信号途径等。共筛选出6个关键基因(KLHL11、NMU、PARP11、CPLX2、RTKN2、LY6G6C),其中KLHL11高表达、LY6G6C低表达提示患者预后不佳。KLHL11对应的上游miRNA及circRNA分别是hsa-miR-132-3p、hsacirc0031027; LY6G6C对应的上游miRNA及circRNA分别是hsa-miR-4747-5p、hsacirc0075341。结论宫颈鳞状细胞癌组织中差异表达circRNA所结合miRNA的下游靶基因中,KLHL11、NMU、PARP11、CPLX2、RTKN2、LY6G6C可能为关键基因,其中KLHL11、LY6G6C与患者预后有关,二者对应的circRNA即hsacirc0031027、hsacirc0075341可能参与了宫颈鳞状细胞癌的发生、发展。

• 单位
  广州医科大学; 清远市人民医院