高通量测序技术分析壳寡糖对小鼠肠道菌群的影响

作者：赵丹莉; 谢明杰^*

来源：营养学报, 2018, 40(05): 449-453.

DOI：10.13325/j.cnki.acta.nutr.sin.2018.05.012

• 壳寡糖
• Illumina-Miseq高通量测序技术
• 小鼠肠道菌群

目的研究壳寡糖对小鼠肠道菌群的影响。方法利用诺氟沙星灌胃建立肠道微生态失调小鼠模型,然后用壳寡糖对昆明小鼠每天进行灌胃,连续灌胃14d后,在无菌条件下采集各组小鼠盲肠内容物,提取基因组DNA,对样本的16S rDNA基因V3-V4区进行PCR扩增,采用Illumina-Miseq高通量测序平台测序,并对各样本进行生物信息学分析。结果体外实验结果显示,壳寡糖能显著促进乳杆菌的生长,抑制大肠杆菌的生长,且呈浓度剂量依赖。OTUs结果显示,利用抗生素处理后,小鼠肠道菌群的数量与对照组相比明显减少,但壳寡糖能增加和恢复小鼠肠道内的菌群数量。肠道菌群Alpha多样性和Beta多样性分析结果显示,壳寡糖能增加小鼠肠道菌群的丰富度和多样性,可恢复抗生素对小鼠肠道菌群平衡造成的破坏。在属水平上对样品进行菌群种类和丰度分析的结果显示,4组样本在菌群种类和丰度上均存在较大的差异。Azospira、Bacteroides(拟杆菌属)、Lactobacillus(乳杆菌属)和Alistipes(另枝菌属)在4组样本中的菌属序列数目变化最为显著。其中壳寡糖组能够抑制有害菌Azospira的生长和繁殖,提高肠道益生菌群Bacteroides、Lactobacillus和Alistipes的种类和丰度,而自然恢复组与之相反。结论壳寡糖能够提高小鼠肠道益生菌群的种类和丰度,可对抗生素造成的肠道菌群紊乱具有显著的改善和恢复作用。

• 单位
  生命科学学院; 辽宁师范大学