荷斯坦奶牛FGFR2基因组织表达及生物信息学分析

作者：邓惜缘; 刘丽元; 周子航; 温万; 高旭红; 顾亚玲^*

来源：东北农业大学学报, 2020, 51(12): 58-67.

DOI：10.19720/j.cnki.issn.1005-9369.2020.12.007

• 荷斯坦奶牛
• FGFR2基因
• 生物信息学分析
• 实时荧光定量

探究前期GWAS筛选出的与荷斯坦奶牛产奶性状相关的成纤维生长因子受体2(Fibroblast growth factor receptor 2,FGFR2)基因不同组织表达量以及荷斯坦奶牛FGFR2基因生物学功能,为后续验证FGFR2基因对于荷斯坦奶牛产奶相关性状调控机制提供基础。采用RT-PCR方法克隆荷斯坦奶牛FGFR2基因CDS区;再利用实时荧光定量PCR技术检测该基因在荷斯坦奶牛不同组织中表达量;最后对其作序列分析及蛋白结构和功能预测等生物信息学分析。实时荧光定量PCR结果显示荷斯坦奶牛乳腺组织FGFR2相对表达量最高,极显著高于肝脏、卵巢、子宫和心脏,与肾脏组织mRNA表达量差异不显著。FGFR2基因系统进化树结果显示,荷斯坦奶牛与黄牛亲缘性最近,其次为野猪。荷斯坦奶牛FGFR2基因编码区长2 372 bp,编码790个氨基酸,蛋白分子式为C3923H6159N1067O1190S44,相对分子质量为12 383,半衰期为30 h,脂肪指数为78.71,为亲水蛋白;FGFR2蛋白存在一个跨膜结构,无信号肽为非经典分泌蛋白;有5个保守结构域;二级结构分析表明,该蛋白中α-螺旋占23.80%,β-转角占4.18%,无规则卷曲占51.27%,延伸链占20.76%,为后期荷斯坦奶牛FGFR2基因在奶牛产奶相关性状调控机制研究提供理论依据。

• 单位
  宁夏大学