藤黄节杆菌ATCC21606的全基因组测序及序列分析

作者：谷璐婷; 李凌彦; 孔道春^*; 易发平^*

来源：基因组学与应用生物学, 2020, 39(05): 2071-2078.

DOI：10.13417/j.gab.039.002071

• 藤黄节杆菌(Arthrobacter luteus)
• 溶菌酶
• 全基因组测序
• 基因注释
• 基因簇

藤黄节杆菌(Arthrobacter luteus, A. luteus) ATCC 21606是一种革兰氏阳性短杆状的放线菌。该菌分泌的溶菌酶(Lyticase)能够有效裂解酵母细胞壁,同时能分泌限制性核酸内切酶AluⅠ和热稳定的黄嘌呤氧化酶,但目前还没有该菌株的全基因组序列相关的报道。本研究首先通过对A. luteus ATCC 21606菌株的基因组进行高通量测序;再利用SOAPdenovo、GeneMarks等软件对基因组进行组装和组分分析;接着与COG、GO、KEGG、NR、Swiss-Prot和CAZy数据库比对进行基因功能注释;并利用antiSMASH软件进行次级代谢产物合成基因簇预测;最终得到大小为4 209 480 bp的全基因组序列,GC含量为74.68%,共预测到编码基因3 741个。基因序列已提交至美国国立生物技术信息中心(NCBI)的GenBank数据库,登录号为RQIK000-00000。本研究首次报道了A. luteus ATCC 21606的全基因组序列,为后续该菌株的功能基因、代谢产物合成途径及比较基因组学等相关研究提供基础。

• 单位
  北京大学; 基础医学院; 生命科学学院; 蛋白质与植物基因研究国家重点实验室; 重庆医科大学