基于生物信息学分析肝细胞癌的核心基因

作者：黄康; 彭贵主^*

来源：中国普外基础与临床杂志, 2020, 27(11): 1357-1364.

• 肝癌
• 核心基因
• 生物信息学分析

目的采用生物信息学方法筛选在肝细胞癌中的异常表达基因,并分析其在肝癌中的临床意义及其可能的机制。方法通过GEO数据库获取GSE101728基因芯片数据集,筛选差异基因;通过STRING和Cytoscape筛选出核心基因;利用GEPIA验证核心基因在肝癌组织中的表达及其临床意义,进一步利用DAVID进行GO分析及KEGG通路分析;通过STRING构建核心基因的PPI网络;运用GEPIA分析核心基因之间的相关性。结果在分析GSE101728数据集后共得到1 082个差异基因,其中354个基因上调,728个基因下调。10个基因被鉴定为差异基因网络中的核心基因,分别为周期素依赖性激酶1(CDK1)、细胞周期蛋白B1(CCNB1)、细胞周期蛋白A2(CCNA2)、polo样激酶1(PLK1)、激光激酶B(AURKB)、细胞分裂周期蛋白20(CDC20)、着丝粒蛋白A(CENPA)、有丝分裂阻滞缺陷蛋白2(MAD2L1)、细胞周期蛋白B2(CCNB2)和驱动蛋白家族2C(KIF2C)。GO及KEGG通路分析表明,该10个核心基因与细胞分裂和细胞周期具有密切关系。AURKB、CCNB1和MAD2L1 3个核心基因的表达具有正相关关系(P<0.05)。结论通过生物信息学方法分析肝癌发生发展中的核心基因,能为进一步研究肝癌的发生机制提供一定的信息。

• 单位
  武汉大学中南医院; 武汉大学; 移植医学技术湖北省重点实验室