长叶竹柏叶绿体基因组特征及系统发育分析

作者：颜丽; 孔维杰; 杨雪莲^*; 吴永飞; 王霞; 田山君

来源：种子, 2023, 42(07): 10-2.

DOI：10.16590/j.cnki.1001-4705.2023.07.010

• 长叶竹柏
• 叶绿体基因组
• 密码子偏好性
• 简单重复序列
• 系统发育

本研究以长叶竹柏叶片为材料，对其进行叶绿体基因组测序及构建系统发育树，分析长叶竹柏叶绿体基因组的结构特征。结果表明，长叶竹柏的叶绿体基因组结构(GenBank No.OL435123)缺乏反向重复(IR)区，叶绿体基因组大小为133 870 bp,总GC含量为37%,共注释基因数为119个，包括80个蛋白编码基因，35个tRNA基因和4个rRNA基因。叶绿体基因组注释显示，大多数的基因与光合作用及基因转录翻译相关，其中43个光合作用相关基因、64个自我复制基因、8个其他蛋白编码基因和4个未知功能基因。密码子偏好性分析表明，共检测出44 623个密码子，亮氨酸(Leu)是长叶竹柏叶绿体基组中占比最大的密码子，占10.54%,密码子偏向使用A/U两种碱基。长叶竹柏叶绿体基因组有49个SSRs,其中包含26个单核苷酸、22个二核苷酸和1个三核苷酸3种类型的SSRs。系统进化树显示，长叶竹柏(Nageia fleuryi,OL435123.1)与竹柏(Nageia nagi,AB830885.1和LC572146.1)聚在同一支，具有较近的亲缘关系。

• 单位
  贵州大学