江西省2020年新冠肺炎病例临床样本SARS-CoV-2全基因组测序及基因特征研究

作者：李健雄; 施勇; 刘师文; 徐刚; 龚甜; 周珺; 肖芳; 刘晓庆; 张艳妮; 肖大瑾; 冉鑫; 熊英^*

来源：实验与检验医学, 2022, 40(05): 637-642.

• 新型冠状病毒
• 临床样本
• 二代靶向全基因组测序技术
• 三代靶向全基因组测序技术
• 基因组特征

目的 探索新冠肺炎病例临床样本的新型冠状病毒（Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,）SARS-CoV-2全基因组测序方法，系统阐述江西省SARS-CoV-2的全基因组和氨基酸变异特征。方法 逐步建立基于Ion Torrent S5平台的SARS-CoV-2临床样本宏基因组测序方法、二代SARS-CoV-2临床样本靶向基因组测序方法和基于MinION平台的三代SARS-CoV-2临床样本靶向基因组测序方法，同时应用这三种方法对江西省新冠肺炎确诊病例的临床样本进行基因组测序。使用artic-ncov2019软件、CLC Genomics Workbench(Version 21.0)软件和DNAstar软件等软件进行数据处理和分析。结果 成功建立三种对临床样本的SARS-CoV-2的宏基因组、二代和三代靶向全基因测序方法，获得了共38例确诊病例的全基因组序列。其中，33例为疫情期间病例，5例为外防输入期间的病例。疫情初期病例的SARS-CoV-2共检测到40个变异位点，每例病例的基因变异数为1～6个，根据8782和28144位点变异情况分为L和S两支，其余突变位点均只出现在1～3个病毒中。境外输入病例分别属于B.1、B.1.1、B.1.1.63、B.1.1.95、B.1.1.306，和国外同期的病例同源性最高。结论 成功建立了三种SARS-CoV-2全基因组测序技术，并运用于江西省新冠肺炎疫情防控实际工作中。及时阻断疫情传播，对减少病毒变异具有非常重要的意义。

• 单位
  江西省疾病预防控制中心