华西牛胴体性状GWAS分析

作者：高翰; 葛菲; 王泽昭; 李宏伟; 安炳星; 李海鹏; 徐凌洋; 朱波; 蔡文涛; 张路培; 高雪; 高会江; 陈燕^*; 李俊雅^*

来源：中国畜牧杂志, 2022, 58(11): 92-99.

DOI：10.19556/j.0258-7033.20211128-04

• 华西牛
• 胴体性状
• 单性状GWAS
• 多性状GWAS

胴体性状是肉牛生产实践中最重要的经济性状之一。本研究以840头华西牛成年公牛为研究对象，屠宰后分别测量胴体重(CW)、胴体长(CL)、胴体胸深(CD)3个性状的表型值，基于Illumina BovineHD芯片基因分型结果，利用单变量混合线性模型(LMM)和多变量混合线性模型(mvLMM)2种方法进行全基因组关联分析(GWAS)，采取Bonferroni方法确定显著性阈值，挖掘影响华西牛胴体性状的显著位点和重要候选基因。结果显示，单性状GWAS分析中仅在CD性状中检测到6个SNPs位点达到染色体显著水平(P<1.65×10-6)，注释到5个基因(PDE1C、PPARGC1B、MTX3、RCAN2、DOK6)，而在CW与CL 2个性状中没有检测到显著的SNPs位点；多性状GWAS分析结果显示，在CW-CL、CW-CD、CL-CD、CWCL-CD4个组合中分别检测到1、5、2、3个显著关联的SNPs位点，共注释到了4个基因(STXBP5L、PDE1C、PPARGC1B、RCAN2)。通过对华西牛胴体性状进行GWAS分析，综合利用LMM和mvLMM2种分析方法以提高位点检测效力和准确性，最终共找到9个显著关联的SNPs位点及STXBP5L、PDE1C、PPARGC1B、MTX3、RCAN2、DOK66个基因，其中PPARGC1B、RCAN22个基因被不同方法检测到的多个SNPs位点同时注释到，参与体重调节、脂肪细胞增殖和分化等生物过程，以上结果为华西牛胴体性状的改良提供了有效的分子标记。

• 单位
  中国农业科学院北京畜牧兽医研究所