基于DNA折纸术设计并找出一类特殊的整数规划问题的最优解。将这类整数规划问题中的n个变量及对应的所有可能值设计成一条长链(脚手架链),通过添加相应的订书钉链形成发夹结构来映射出问题的解。当整数规划问题中有n个变量时,它的解可以映射成n个发夹结构(长链的长度为l+nt)。同时对于非解,通过添加订书钉链的方法来增加长链的发夹结构,从而使得长链的长度变长(超过l+nt),再通过凝胶电泳来排除这些非解,最后保留可行解。