结直肠癌竞争性内源RNA网络的建立及C14orf132、GAS1表达关系及其意义

作者：任维聃^*; 刘桂伟; 冶浩鹏; 姜辉; 郭庆金; 耿学辰; 姜国胜

来源：中华实验外科杂志, 2021, 38(12).

• 结直肠癌
• 竞争性内源RNA
• 生物信息学分析

目的通过生物信息学分析建立结直肠癌竞争性内源RNA(ceRNA)网络, 对筛选出的ceRNA C14orf132-GAS1的表达及意义进行探讨。方法基于肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库对结直肠癌数据集进行分析, 筛选差异表达的长非编码RNA(lncRNA)和mRNA, 采用倍数法(fold change)和t检验识别差异表达基因, 校正后P<0.05且|log2 fold change|>1的基因被鉴定为差异表达基因。采用超几何检验方法筛选出lncRNA-mRNA形成的ceRNA对, 并对可能的靶微小RNA(miRNA)进行筛选。从TCGA数据库下载结直肠癌临床数据集。使用R包的"survival"和"survminer"进行生存分析。选取30例新鲜的结直肠癌及癌旁组织, 应用荧光实时定量聚合酶链反应(RT-qPCR)对筛选出的ceRNA对和miRNA进行检测, 并对这些分子间的相关关系进行Pearson相关分析。结果肿瘤组织中上调的mRNA数量为1 731, 下调的为3 691;上调的lncRNA为1 126, 下调的为2 105;上调的miRNA为14, 下调的为190。经过筛选, 确定C14orf132-miR-33a-GAS1轴可能为结直肠癌进展中有重要意义的ceRNA。生物信息学结果显示, C14orf132-GAS1作为ceRNA对, 在肿瘤中表达水平(13.37±1.76、14.45±4.55)低于正常组织(15.71±0.62、16.00±2.42, t=-9.44、-2.40, P<0.05);miR-33a在肿瘤中表达水平(5.53±1.84)高于正常组织(3.25±0.77, t=4.10, P<0.01)。组织验证结果与生物信息学结果符合。结论由C14orf132-miR-33a-GAS1轴形成的ceRNA机制可能在结直肠癌进展过程中发挥重要作用。

• 单位
  沧州市中心医院; 沧州市人民医院