基于SNP芯片的油菜核心种质遗传多样性分析

作者：张瑶婷; 王同华; 郭一鸣; 刘新红; 李宝; 李莓^*

来源：分子植物育种, 2023, 21(06): 1913-1919.

DOI：10.13271/j.mpb.021.001913

• 油菜
• 近缘种品系
• 单核苷酸多态性(SNP)
• 遗传多样性
• 聚类分析

为揭示湖南省油菜种质资源库中核心种质的遗传多样性，本研究利用油菜组60K基因芯片对266份甘蓝型油菜品系及其10份近缘种品系10份进行全基因组SNP位点分析，原始数据通过Visual Basic软件筛选，利用Powermarker软件计算SNP位点PIC值和供试材料的遗传距离、聚类分析。结果表明：根据SNP标记缺失率和染色体分布均匀度共筛选到24 593个SNP位点，平均每条染色体分布1 294个多态性位点，位点的Nei’s基因多样性指数(H)、主要等位基因频率(MAF)和多态性信息含量(PIC)平均值分别为0.401、0.688 3、0.316;276份供试材料间遗传距离在0.000 1～0.477之间，平均为0.329 6,Kinship值为0的占71.49%；供试材料可分成5个大类，其中最大类(含有250份种质)又可分为9个亚类，供试材料的类群分布与种质类型、地理来源一致。研究结果表明供试育种亲本种质遗传多样性丰富，可更客观反映供试材料的亲缘关系，为种质资源的育种利用提供理论依据。

• 单位
  湖南大学; 湖南省作物研究所