宋以后医学学理的哲学化取向,主要体现在命门太极学说的本体论体系建构。命门统领真水、真火,为先天,人的脏腑形体皆为后天,五行范畴因而扩展,形成了两套五行关系体系,使五脏原有的五行关系发生重构,出现了真火生脾土、乾金生真水,以及先天水火同源既济等关系形式。在重大疾病、危重病症的辨证论治上皆从先天论治后天,提出了如"小病治气血,大病治水火"等治疗思想。
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