生态学研究方法存在逻辑主义与经验主义、归纳方法或演绎方法以及假说-演绎推理是否成立等三种重要的争鸣并导致对知识的可能与可靠产生了质疑。系统思考后认为它们具有逻辑递进关系,体现了整体性,并涌现出"数据"这一新的系统属性。由此产生了如何获得与处理数据的问题。基于公众科学的大数据和先验概率模型的实验数据来源与处理的系统化方法可以解决上述难题。此方法可追踪生态过程的持续演化,为生态学一般性理论的发展提供启示和经验证据。