成簇的规律间隔短回文重复序列技术在鼠疫菌基因分型中的应用

作者：王海峰; 陈永明; 周松; 牛艳芬; 杨晓燕; 张懿晖; 刘广; 杜国义; 刘合智; 史献明^*

来源：中国媒介生物学及控制杂志, 2021, 32(01): 30-33.

• 鼠疫耶尔森菌
• 成簇的规律间隔短回文重复序列
• 基因分型

目的针对分离自内蒙古高原长爪沙鼠鼠疫自然疫源地的鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌),进行DNA成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR)分型,对比同一类型疫源地,不同地区分离的菌株基因型,建立沙鼠鼠疫疫源地鼠疫菌株的CRISPR基因库,为疫情的追溯和流行病学分析奠定基础。方法应用3对CRISPR引物(YPa、YPb、YPc)将实验菌株DNA进行聚合酶链式反应(PCR)扩增并测序,然后将所测得CRISPR序列与文献最新报道的CRISPR Dictionary比对,找出CRISPR spacer阵列,确定基因型别,最后用Bionumerics 7.6软件制作聚类图,分析其进化关系。结果 33株鼠疫菌共发现9种spacer,包括4种YPa(a1、a2、a3、a56)、2种YPb(b1、b2)和3种YPc(c1、c2、c3),经比对所有菌株被归为1个CRISPR基因簇(Cb2),2个基因型,内蒙古自治区(内蒙古)鄂托克旗和杭锦后旗菌株为1个新基因型,命名为2′型(a1-a2-a3-a56,b1-b2,c1-c2-c3),内蒙古乌拉特前旗、河北省康保县和宁夏回族自治区银川市的菌株均为基因1型(a1-a2-a3,b1-b2,c1-c2-c3)。结论鼠疫菌在内蒙古长爪沙鼠鼠疫疫源地整体上遗传稳定,归于1个基因簇,但是也存在一些微进化,体现在不同地区的菌株有不同的基因型。

• 单位
  河北省鼠疫防治所